เปิดความต่างวิธีประมูล 
กระทรวงการคลังทำหนังสือทักท้วง โดยระบุว่า คลื่นความถี่เป็นทรัพยากรของชาติที่มีอย่างจำกัด ซึ่งการจัดประมูลโดยมีจำนวนของมีเท่ากับจำนวนผู้ประมูล เป็นกระบวนการประมูลไม่ถูกต้องตามระบบอิเล็กทรอนิกส์ นอกจากนี้ราคาประมูลที่ต่ำกว่าราคาที่เหมาะสม ทำให้รัฐสูญเสียรายได้มหาศาล
ทั้งนี้กระทรวงการคลังประกาศหลักเกณฑ์การซื้อและการจ้างโดยการประมูลด้วยระบบอิเล็กทรอนิกส์ หรือ อีอ็อกชั่น เมื่อปี 2548 เนื่องจากที่ผ่านมามักเกิดปัญหาความไม่โปร่งใสในการประมูล การสมยอมราคา หรือที่เรียกว่าฮั้ว จากนั้นหน่วยงานราชการจึงปรับใช้การประมูลแบบนี้ในจัดซื้อหาพัสดุ
วิธีประมูลอีอ็อกชั่นจะต่างกับ วิธีประมูลที่ กสทช.ใช้ โดย กสทช.กำหนดวิธีการจัดซื้อจัดจ้างพิเศษ ตามพระราชบัญญัติจัดสรรคลื่นความถี่วิทยุโทรคมนาคม พ.ศ.2553 มาตรา 45 นอกจากนี้ กสทช. ยังเป็นองค์กรอิสระไม่ใช่หน่วยราชการ
นักวิชาการระบุว่า 2 วิธี เหมือนกันเพราะจะผู้ประมูลจะเสนอราคาในสถานที่และเวลาเดียวกัน แต่จะต่างกันที่ผลที่ได้ โดยอีอ็อกชั่น ผู้ประกอบการจะแข่งขันเสนอต่ำ ขณะที่การประมูล 3 จี แข่งขันเสนอราคาสูงแต่ไม่ว่าจะเป็นการประมูลแบบใดหากไม่ได้ราคาตามที่ผู้จัดประมูลต้องการสามารถเลื่อนประมูลได้
การประมูล 3 จี ในครั้งนี้ ประเด็นวิพากษ์วิจารณ์อย่างมาก คือการกำหนดราคาประมูลที่ต่ำ และมีเงื่อนไขที่ทำให้ไม่เกิดการแข่งขันในการประมูล ซึ่งกติการการประมูล 3 จี เมื่อ 2 ปีที่แล้ว แตกต่างจากการประมูลที่ผ่านมา โดย กสทช. ตัดหลักเกณฑ์ N - 1 ซึ่งก็คือ คัดผู้ประมูลที่เสนอราคาต่ำสุดออก 1 ราย จากทั้งหมดที่เข้าประมูล
หลายฝ่ายเชื่อว่า หากยังคงหลักเกณฑ์ N- 1 ผู้ประกอบการจะแข่งขันราคาเพื่อไม่ให้ถูกคัดออกและตามหลักเกณฑ์เดิมคลื่นความถี่ที่เหลือ จะจัดให้ประมูลใหม่ภายใน 90 วัน
ขณะที่นายฐากร ตัณฑสิทธิ์ เลขาธิการ กสทช. ชี้แจงการตัดหลักเกณฑ์ N- 1 โดยอ้างอิงผลการศึกษาจากหลายประเทศ ว่าแม้จะมีหลักเกณฑ์นี้ก็ทำให้เกิดการฮั้วประมูลได้ เนื่องจากผู้ประมูลที่เหลือ 1 ราย จะหานอมินีมาเป็นคู่แข่ง เพื่อเข้าร่วมประมูลใหม่อีกครั้ง
จากความสงสัยของสังคม ในประเด็นต่างๆ นางนิตยา สุนทรสิริพงศ์ ผู้อำนวยการศูนย์วิจัยและพัฒนาระบบสารสนเทศระหว่างประเทศ เห็นว่า กสทช. จะต้องชี้แจงและอธิบายกับสังคมให้ได้ ถึงขั้นตอนและวิธีประมูล เพื่อให้การพัฒนาอุตสาหกรรมโทรคมนาคมเดินหน้าต่อไปได้