นายนาจิ๊บ ราซัค นายกรัฐมนตรีของมาเลเซีย ระบุว่า สาเหตุของการอพยพเกิดจากการรุกรานของกลุ่มก่อการร้าย ที่ลักลอบเข้าเมืองโดยผิดกฏหมาย รวมถึงคนไร้สัญชาติที่เข้ามาอยู่ในรัฐซาบาห์ เบื้องต้นการอพยพประชาชน จะมีผลเฉพาะพื้นที่ที่กลุ่มก่อการร้ายแทรกซึมเข้ามา แต่ในอนาคตอาจจะขยายพื้นที่อพยพไปทั่วทั้งรัฐซาบาห์
รัฐบาลมาเลเซียเริ่มกระบวนการกวาดล้างผู้รุกราน ตั้งแต่ต้นเดือนมีนาคมที่ผ่านมา ซึ่งผู้รุกรานเป็นกองกำลังติดอาวุธชาวมุสลิมกว่า 200 คน ที่ภักดีต่อ"สุลต่านแห่งซูลู" ซึ่งอยู่ทางตอนใต้ของฟิลิปปินส์ ได้ยกกำลังเข้าไปในซาบาห์เมื่อ 6 สัปดาห์ก่อน โดยอ้างว่าพื้นที่ดังกล่าวเป็นที่ดินของบรรพบุรุษ ซึ่งรัฐบาลมาเลเซียเริ่มกวาดล้างกลุ่มติดอาวุธช่วงต้นเดือนมีนาคมที่ผ่านมา ทำให้กลุ่มติดอาวุธเสียชีวิตมากกว่า 60 คน ขณะที่กองกำลังของรัฐบาลมาเลเซียเสียชีวิตสิบคน
ปัญหานี้เกิดขึ้นในช่วงใกล้การเลือกตั้งทั่วไปของมาเลเซีย ทำให้กลายเป็นประเด็นอ่อนไหวอย่างยิ่งต่อรัฐบาล ภายใต้การนำของนายนาจิ๊บ ราซัค เพราะที่ผ่านมารัฐบาลมาเลเซียค่อนข้างผ่อนปรน เรื่องการเดินทางเข้าออกเมืองทางทะเลบริเวณพรมแดนรัฐซาบาห์ ทำให้คนฟิลิปปินส์ มาเลเซีย อินโดนีเซีย เดินทางไปมาหาสู่กันได้อย่างค่อนข้างเสรี เพราะต่างก็มีญาติมิตรอาศัยในบริเวณดังกล่าว
ขณะเดียวกันก็กลายเป็นประเด็นที่รัฐบาลมาเลเซีย ถูกโจมตีมาโดยตลอด เพราะมีข้อกล่าวหาว่ารัฐบาลให้สัญชาติแก่กลุ่มคนต่างชาติที่เดินทางเข้าออกในพื้นที่นี้ และให้สิทธิเลือกตั้ง ซึ่งทำให้ฐานเสียงของพรรคอัมโน่ ในพื้นที่ดังกล่าวกว้างขึ้น แต่หลังเกิดเหตุนองเลือด จึงต้องหันกลับมาเพิ่มการดูแลพรมแดนมากขึ้น และเรื่องนี้ก็ถือเป็นประเด็นที่กำลังอยู่ในความสนใจของชาวมาเลเซีย