การยื่นหนังสือถึง พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ที่ทำเนียบรัฐบาลเพื่อร้องขอให้ทบทวนคำสั่ง หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) เรื่อง การยุบเลิกตำแหน่งและเงินประจำตำแหน่งของพนักงานสอบสวนระดับผู้ทรงคุณวุฒิ กลายเป็นบทบาทสุดท้าย ของ พ.ต.ท.จันทร์ ชัยสวัสดิ์ ในฐานะเลขาธิการสหพันธ์พนักงานสอบสวนแห่งชาติ
แม้ปมการเสียชีวิตจะยังไม่ชัดเจนว่าเกี่ยวกับประเด็นการยื่นหนังสือนายกฯหรือไม่ แต่มาตรวจสอบคำสั่ง คสช. 2 ฉบับ ที่ อาศัยอำนาจตามมาตรา 44 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เนื้อหาโดยสรุปพบว่า คำสั่งที่ 6/2559 การแต่งตั้งตำรวจ ตามคำสั่ง คสช.หรือเกี่ยวข้อง ตั้งแต่ วันที่ 22 พฤษภาคม 2557 มีผลบังคับใช้โดยชอบด้วยกฎหมาย คำสั่ง คสช. ที่7/ 2559 ให้ปรับปรุงกำหนดตำแหน่งตำรวจที่มีอำนาจสอบสวนใหม่ หรือที่ พนักงานสอบสวนเข้าใจคือ การยุบเลิกพนักงานสอบสวน และให้ ก.ตร.กำหนดตำแหน่งใหม่ภายใน 90 วัน
หลังมีคำสั่ง คสช.มีความเคลื่อนไหวของกลุ่มพนักงานสอบสวนทั้งเห็นด้วยและคัดค้าน โดย พล.ต.อ.เดชณรงค์ สุทธิชาญบัญชา โฆษกสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ออกมายืนยันว่า การยกเลิกตำแหน่งพนักงานสอบสวนไม่ใช่การลดอำนาจแต่จะเป็นการเพิ่มประสิทธิภาพการทำงาน และสามารถเปลี่ยนสายงาน ขึ้นตำแหน่งผู้บริหารสถานีตำรวจด้วยซ้ำ
หลังจากการเสียชีวิตของ พ.ต.ท.จันทร์ ทีมข่าวไทยพีบีเอสพยายามติดต่อ พ.ต.อ.ภรภัทร เพ็ชรพยาบาล ประธานสหพันธ์พนักงานสอบสวนแห่งชาติ แต่ไม่สามารถติดต่อได้ แต่ได้รับรายงานว่าถูกสั่งห้ามให้สัมภาษณ์ ส่วนกรณีการเรียกพนักงานสอบสวนทั้งหมดชี้แจง ก็ยังไม่มีการยืนยันเวลาและสถานที่
กรณีนี้่มีพนักงานสอบสวนกว่า 10,000 คนได้รับผลกระทบ และมีพนักงานสอบสวนระดับผู้ทรงคุณวุฒิ อีก 700 คน มีการตั้งข้อสังเกตการอาศัยอำนาจ คสช.ใช้มาตรา 44 ยุบเลิกพนักงานสอบสวนเป็นก้าวแรกของการปฏิรูปตำรวจ เพื่อลดบทบาทพนักงานสอบสวน เพราะให้อัยการเป็นผู้สอบสวนแทน เพื่อเป็นการถ่วงดุล การทำงานของตำรวจ