เมื่อวันที่ 29 พ.ย.2561 ผู้สื่อข่าวรายงาน เจ้าหน้าที่สำนักงานป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐ หรือ ป.ป.ท.เขต 3 ได้ลงพื้นที่ตรวจสอบจำนวนนักเรียน โรงเรียนตาลสุมพัฒนา อ.ตาลสุม จ.อุบลราชธานี เพื่อตรวจสอบจำนวนนักเรียนว่าตรงกับข้อมูลที่รายงานต่อ สพฐ.หรือไม่ ซึ่งจากการตรวจสอบพบว่า จำนวนนักเรียน น้อยกว่าข้อมูลที่รายงานกับสพฐ.ถึง 100 คน
พ.ต.ท.วันนพ สมจิมตมากุล รักษาราชการแทนเลขาธิการ ป.ป.ท. ระบุว่า จากการลงพื้นที่ตรวจสอบนักเรียนโรงเรียนหลายแห่งในภาคอีสาน พบความผิดปกติลักษณะเดียวกัน คือ มีการรายงานจำนวนนักเรียนสูงกว่านักเรียนที่เรียนอยู่จริง ขณะนี้ให้ ป.ป.ท.แต่ละพื้นที่สุ่มตรวจโรงเรียนทั่วประเทศ เพื่อตรวจสอบความผิดปกติ ซึ่งในพื้นที่ ป.ป.ท.เขต 3 พบความผิดปกติโรงเรียน 5 แห่ง ใน 5 จังหวัด คือ จ.อุบลราชธานี ยโสธร ศรีสะเกษ ชัยภูมิ และนครราชสีมา โดยหลังจากนี้จะสรุปข้อมูลเพื่อให้ ป.ป.ช. ชี้มูลเอาผิดกับผู้เกี่ยวข้อง
ด้าน นายบุญรักษ์ ยอดเพชร เลขาธิการคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน เปิดเผยว่า สพฐ.ได้ตั้งคณะกรรมการลงไปตรวจสอบข้อมูลจำนวนนักเรียนทั่วประเทศแล้ว และให้โรงเรียนเร่งดำเนินการจำหน่ายนักเรียนให้ตรงกับความเป็นจริง หรือหากจำหน่ายไม่ได้ ก็จะต้องมีข้อมูลที่ตรงกับความเป็นจริงและให้ขึ้นบัญชีว่า อยู่ระหว่างดำเนินการแล้วใช้เฉพาะข้อมูลนักเรียนที่มีตัวตนจริงเท่านั้น ในการบริหารงบประมาณ โดยภายในวันที่ 3 ธ.ค.นี้ ทุกโรงเรียนทั่วประเทศ จะต้องเคลียร์ข้อมูลให้ได้ และรายงานข้อมูลตรงกับระบบข้อมูลรายบุคคล หรือ DMC ของ สพฐ.เข้ามาภายในวันที่ 10 ธ.ค. โดยจำแนกนักเรียนที่มีตัวตนจริงเพื่อขอรับงบประมาณ และจำนวนนักเรียนที่ยังไม่ประสงค์ขอรับงบฯ เนื่องจากไม่มีตัวตน และยังไม่สามารถจำหน่ายออกจากทะเบียนได้ เช่น ไปเรียนที่อื่นแล้วไม่มาลาออก
อย่างไรก็ตาม ทั้งหมดนี้เป็นการดำเนินการระยะสั้น ส่วนระยะยาวต้องมีการแก้ไขระเบียบกระทรวงศึกษาธิการ ว่าด้วยทะเบียนนักเรียน พ.ศ.2535 ที่ใช้มานานแล้ว เพื่อให้โรงเรียนสามารถดำเนินการได้จริงและเหมาะสมกับสถานการณ์