พล.อ.ประยุทธ์ลงนามในคำสั่งหัวหน้าคสช.ที่ 1/2559 เมื่อวันที่ 5 ม.ค.2559 ซึ่งอาศัยอำนาจตามมาตรา 44 ของรัฐธรรมนูญชั่วคราวมีคำสั่งให้เจ้าหน้าที่ของรัฐ 59 คนที่มีชื่ออยู่ในบัญชีแนบท้ายระงับการปฏิบัติหน้าที่ หรือไปช่วยราชการในหน่วยงานอื่น หรือให้พ้นจากตำแหน่ง
เจ้าหน้าที่ของรัฐที่มีรายชื่อในบัญชีแนบท้ายคำสั่งนี้ แบ่งเป็น 5 กลุ่ม ได้แก่
กลุ่ม 1 ผู้บริหารสถานศึกษา 2 คน
กลุ่ม 2 ข้าราชการพลเรือน 2 คน
กลุ่ม 3 ผู้บริหารองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 44 คน ในจำนวนนี้อยู่ในจังหวัดมหาสารคามถึง 32 คน
กลุ่ม 4 ข้าราชการองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 4 คน
กลุ่ม 5 กรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ 7 คน
โดยชื่อที่ได้รับการจับตามากที่สุดคือ ชื่อของกรรมการกองทุน สสส. ทั้ง 7 คน ได้แก่
1. นายแพทย์ วิชัย โชควิวัฒน กรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพรองประธานคนที่สอง
2. นายสงกรานต์ ภาคโชคดี กรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ
3. นายเอ็นนู ชื่อสุวรรณ กรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ
4. นายยงยุทธ วงศ์ภิรมย์ศานติ์ กรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ
5. นายสมพร ใช้บางยาง กรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ
6. รองศาสตราจารย์ประภาภัทร นิยม กรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ
7. นายวิเชียร พงศธร กรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ
คำสั่งฉบับนี้ถือเป็นการใช้อำนาจของพล.อ.ประยุทธ์ในฐานะหัวหน้าคสช.เพื่อแก้ปัญหาเจ้าหน้าที่รัฐซึ่งอยู่ระหว่างการตรวจสอบ โดยพล.อ.ประยุทธ์ชี้แจงว่าเป็นผลมาจากข้อมูลของหน่วยงานตรวจสอบการทุจริตภายใต้ศูนย์อำนวยการต่อต้านการทุจริตแห่งชาติ (ศอตช.) ซึ่งหากตรวจสอบแล้วไม่พบว่าเกี่ยวข้องกับการกระทำผิดใดๆ ก็กลับมาปฏิบัติหน้าที่ได้ตามปกติ
"ให้เจ้ากระทรวงหรือผู้บังคับบัญชาตามต้นสังกัดตรวจสอบก่อน เพราะมีกฎกติกาอยู่แล้ว ถ้าทำผิดก็นำไปสู่กระบวนการอื่นๆ อยู่แล้ว เช่น คดีอาญา แต่บางกรณีที่เป็นเรื่องใหญ่ คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ กรณีเป็นการทำตามรายงานของ คตร.และสตง. ก็ต้องให้ความเป็นธรรม" พล.อ.ประยุทธ์กล่าว
ศอตช.ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อตอบสนองเจตนารมณ์หลักของรัฐบาล ในการส่งเสริมการบริหารราชการแผ่นดิน ที่มีธรรมาภิบาลและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบในภาครัฐ นี่จึงเป็นเหตุผลที่ทำให้ ศอตช.กำลังถูกคาดหวัง เมื่อเข้ามาตรวจสอบโครงการอุทยานราชภักดิ์ โดยพล.อ.ไพบูลย์ คุ้มฉายา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม ในฐานะประธานศอตช.ยืนยันว่า จะไม่เลือกปฏิบัติ และผลสอบที่ออกมาจะต้องตอบคำถามสังคมได้
"ผมเข้าใจว่าสังคมคิดอะไรอยู่ มองอะไรอยู่ แต่ก็ต้องคิดอย่างมีเหตุมีผล" พล.อ.ไพบูลย์กล่าว
มีการคาดการณ์ว่าแนวทางการตรวจสอบโครงการอุทยานราชภักดิ์ ของศอตช.จะไม่แตกต่างจากการตรวจสอบโครงการอื่นของภาครัฐ ซึ่งหากพบว่ามีข้าราชการหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐ ส่อว่า เกี่ยวข้องกับการทุจริต ผลที่ออกมาก็จะไม่ต่างจากข้าราชการ 175 คนที่ ศอตช.เสนอให้หัวหน้าคสช.มีคำสั่งระงับการปฏิบัติหน้าที่เพื่อเข้าสู่กระบวนการตรวจสอบ