ตั้งแต่อดีตถึงปัจจุบัน ประเทศไทยมีสมเด็จพระสังฆราช แล้ว 19 พระองค์ พระองค์แรก คือสมเด็จพระอริยวงษญาณ สมเด็จพระสังฆราช ซึ่งพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 ทรงสถาปนาขึ้นเมื่อปี 2325 ในสมัยนั้นคณะสงฆ์ไทยส่วนใหญ่ คือฝ่ายมหานิกาย กระทั่งในปี 2379 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ทรงสถาปนาธรรมยุติกนิกายขึ้น เพื่อปฏิรูปพระพุทธศาสนา เนื่องจากทรงเห็นว่าเกิดปัญหาด้านวินัยสงฆ์
แต่การปกครองคณะสงฆ์ในตอนนั้น พบความไม่เสมอภาคระหว่าง 2 นิกาย ซึ่งฝ่ายธรรมยุติกนิกาย ถูกมองว่าได้รับอภิสิทธิ์มากกว่ามหานิกาย ตั้งแต่นั้นมาเป็นเวลาไม่ต่ำกว่า 30 ปี คือในช่วงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 และสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 จึงมีสมเด็จพระสังฆราช ฝ่ายธรรมยุติกนิกายมาตลอด
หลังเปลี่ยนแปลงการปกครอง ปี 2475 มีความพยายามปรับแก้กฎหมายปกครองคณะสงฆ์ ทำให้ตั้งแต่นั้นมาฝ่ายธรรมยุติกนิกายและฝ่ายมหานิกายสลับขึ้นเป็นสมเด็จพระสังฆราช โดยสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช (แพ ติสสเทโว) วัดสุทัศนเทพวราราม สมเด็จพระสังฆราช พระองค์ 12 ถือเป็นฝ่ายมหานิกาย พระองค์แรกในช่วงที่มีการเปลี่ยนแปลง และสลับสับเปลี่ยนเรื่อยมาจนถึงพระองค์ที่ 19 ซึ่งเป็นฝ่ายธรรมยุติกนิกาย
โครงสร้างปกครองคณะสงฆ์ที่มีประมุขเพียงพระองค์เดียว ในขณะที่มีคณะสงฆ์มี 2 นิกาย นักวิชาการด้านศาสนาและปรัชญา เชื่อว่าเป็นปัจจัยสู่ความขัดแย้งวงการสงฆ์ในอดีต แต่หลังการหมุนเวียนกันขึ้นปกครองคณะสงฆ์ของ 2 นิกายนี้ เรื่องของนิกายจึงไม่ได้ถูกหยิบยกมาเป็นประเด็นความขัดแย้ง
ปัจจุบัน ความเหมาะสมของตัวบุคคล อาจเป็นต้นเหตุของความขัดแย้งในการเสนอชื่อ สมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ เจ้าอาวาสวัดปากน้ำภาษีเจริญ จากฝ่ายมหานิกาย ให้ได้รับการสถาปนาเป็นสมเด็จพระสังฆราช พระองค์ที่ 20 ซึ่งถูกนำไปเชื่อมโยงกับประเด็นการเมือง และสิ่งที่สังคมตั้งคำถาม คือความเกี่ยวพันกับวัดพระธรรมกาย
การเสนอรายชื่อสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ในการประชุมลับ และรับรองผลอย่างไม่เปิดเผยของกรรมการมหาเถรสมาคม ทำให้นายสุรพศ ทวีศักดิ์ นักวิชาการด้านศาสนา เชื่อว่าจะกลายเป็นประเด็นให้เกิดข้อครหาจากสังคม และท้ายที่สุดแล้วฝ่ายคัดค้านจะหยิบมาเป็นหนึ่งในประเด็นสำคัญ เพื่อสร้างแรงกดดันให้กับรัฐบาล