วันที่ 1 ก.พ.2559 นางมากาเรต ชาน ผู้อำนวยการองค์การอนามัยโลก ประกาศให้การแพร่ระบาดของไวรัสซิกาเป็นสถานการณ์ฉุกเฉินด้านสาธารณสุขโลกหลังจากมีการแพร่ระบาดอย่างหนักในบราซิลและประเทศอื่นๆ รวม 24 ประเทศในภูมิภาคละตินอเมริกา ซึ่งคาดว่าอาจมีผู้ติดไวรัสดังกล่าวมากถึง 4 ล้านคนในภูมิภาคนี้
การประกาศภาวะฉุกเฉินมีขึ้นหลังจากที่คณะกรรมการรับมือสถานการณ์ฉุกเฉินไวรัสซิกาที่ตั้งขึ้นโดยองค์การอนามัยโลกประชุมกันเมื่อวันที่ 1 ก.พ.2559
"ผู้เชี่ยวชาญเห็นตรงกันว่าการติดเชื้อไวรัสซิการะหว่างตั้งครรภ์มีความสัมพันธ์กับการเกิดภาวะทารกศีรษะเล็ก (microcephaly) แม้ว่าจะยังไม่มีการยืนยันทางวิทยาศาสตร์ แต่เราเห็นร่วมกันว่าทั่วโลกจะต้องร่วมมือกันในการสอบสวนและหาข้อมูลเกี่ยวกับผลของการติดเชื้อไวรัสชนิดนี้" แถลงการณ์ของนางมากาเรต ชาน ระบุ "นอกจากนี้ ผู้เชี่ยวชาญยังได้ศึกษาแบบแผนการแพร่กระจายของยุงที่เป็นพาหะไวรัสซิกา"
ผู้อำนวยการองค์การอนามัยโลกระบุด้วยว่า การตัดสินใจประกาศภาวะฉุกเฉินยังพิจารณาจากปัจจัยที่ว่าขณะนี้ยังไม่มีวัคซีนป้องกันการติดเชื้อ รวมทั้งการขาดแคลนเครื่องมือทดสอบการติดเชื้อที่รวดเร็วและแม่นยำพอ
หลังจากพิจารณาข้อมูลและหลักฐานอย่างรอบคอบแล้ว คณะกรรมการลงความเห็นว่าการเพิ่มจำนวนของทารกที่ประสบภาวะศีรษะเล็ก และความผิดปกติทางระบบประสาทที่พบในบราซิล ซึ่งก่อนหน้านี้เคยเกิดขึ้นมาแล้วเฟรนช์ โพลีเนเชียเมื่อปี 2556 นั้นเป็น "สถานการณ์ไม่ปกติ" ที่เป็นภัยต่อสถานการณ์ด้านสาธารณสุขในภูมิภาคอื่นๆ นางมากาเรตกล่าว
"คณะกรรมการแนะนำว่านานาชาติจะต้องให้ความช่วยเหลือประเทศที่มีการระบาดและร่วมมือกันป้องกันไวรัสซิการะบาดในวงกว้าง และเห็นว่าสถานการณ์ในขณะนี้เข้าหลักเกณฑ์ที่ประกาศให้การระบาดของไวรัสซิกาเป็นภาวะฉุกเฉินด้านสาธารณสุขของโลก องค์การอนามัยโลกจึงขอประกาศภาวะฉุกเฉินตามคำแนะนำของคณะกรรมการ" นางมากาเรตสรุปพร้อมกับแนะนำว่า การป้องกันการติดเชื้อไวรัสซิกาที่ได้ผลที่สุดในขณะนี้ คือการกำจัดยุงลายที่เป็นพาหะ และป้องกันไม่ให้กลุ่มเสี่ยง โดยเฉพาะหญิงตั้งครรภ์ถูกยุงกัด
องค์การอนามัยโลกเรียกร้องให้นานาชาติร่วมมือกันปรับปรุงการตรวจสอบไวรัสชนิดนี้ และเร่งการพัฒนาวัคซีน รวมถึงวิธีการวินิจฉัยโรคที่ดีขึ้นกว่าเดิม แต่ยังไม่มีความจำเป็นที่จะต้องควบคุมการเดินทางหรือการค้า
นางดิลมา รุสเซฟฟ์ ประธานาธิบดีบราซิล เรียกประชุมคณะรัฐมนตรีเพื่อหาทางรับมือกับสถานการณ์ไวรัสซิการะบาดในประเทศซึ่งได้รับผลกระทบมากที่สุด โดยพบทารกมีภาวะศีรษะเล็กแต่กำเนิดแล้ว 3,700 คน
นายฌาร์ค วากเนอร์ หัวหน้าสำนักประธานาธิบดีบราซิล แสดงความมั่นใจว่า ไวรัสซิกาจะไม่ส่งผลกระทบต่อนักกีฬาและผู้ที่จะมาเข้าร่วมมหกรรมกีฬาโอลิมปิคฤดูร้อนซึ่งจะจัดขึ้นที่นครริโอ เดอ จาเนโรในเดือนสิงหาคมนี้ โดยระบุว่า นักกีฬาที่เป็นไข้หวัดจะไม่สามารถลงแข่งขันได้อยู่แล้ว แต่เตือนผู้หญิงตั้งครรภ์ว่าไม่ควรเดินทางมาบราซิล ในช่วงกีฬาโอลิมปิคเพราะมีความเสี่ยงสูง แต่สำหรับผู้ที่ไม่ได้ตั้งครรภ์ก็ไม่ควรวิตกกังวลเนื่องจากบราซิลมีมาตรการรับมือไวรัสซิกาอย่างดี
มีรายงานว่ากระทรวงสาธารณสุขบราซิลกำลังร่วมมือกับศูนย์ควบคุมโรคติดต่อของสหรัฐอเมริกาเพื่อคิดค้นวัคซีนป้องกันไวรัสซิกา ซึ่งคาดว่าน่าจะใช้เวลาประมาณ 3 ปี
ประเทศฮอนดูรัสประกาศภาวะฉุกเฉินหลังจากมีผู้ติดไวรัสซิกา 3,649 คน และในช่วง 3 วันที่ผ่านมา มีจำนวนผู้ติดไวรัสเพิ่มขึ้นถึง 3 เท่า
นายฮวน ออร์แลนโด ประธานาธิบดีฮอนดูรัส จัดสรรงบประมาณเบื้องต้น ในการควบคุมการระบาดของไวรัสซิกา กว่า 10 ล้านดอลลาร์สหรัฐฯ