ปัญหา 
ความไม่พอใจของผู้ตัดสินกลุ่มหนึ่ง ซึ่งมีไม่น้อยกว่า 80 คน เกิดจากปัญหาการลงโทษผู้ตัดสินที่ฝ่ายหนึ่งมองว่า ไม่เป็นธรรม โดยนายมานพ ปานสาคร หนึ่งในผู้ตัดสินที่ลงชื่อประท้วงไม่ขอลงทำหน้าที่ก่อนหน้านี้โดนสอบสวนและเข้าเครื่องจับเท็จหลังการตัดสินเกมระหว่าง ชัยนาท กับ บีอีซี เทโรศาสน ทำให้ถูกลงโทษห้ามตัดสินเป็นเวลา 4 ปี
ขณะที่การตัดสินของ ถนอม บริคุต ในเกมส์ระหว่างการท่าเรือไทย กับ เจนิฟู้ดสมุทรสงคราม นำไปสู่เหตุการณ์วุ่นวาย โดยเขาให้จุดโทษเจนิฟู้ดสมุทรสงครามและให้ใบแดงนักเตะการท่าเรือไทย ก่อนการท่าเรือไทยจะแพ้ 1 ประตูต่อ 2 และตามมาด้วยเหตุอื้อฉาวแฟนบอลการท่าเรือไทยไม่พอใจและปิดล้อมผู้ตัดสินนานกว่า 3 ชั่วโมง ขณะที่ถนอม บริคุต ไม่โดนคณะกรรมการผู้ตัดสินสอบสวนการทำหน้าที่เกมส์ดังกล่าว เขาเพียงถูกโอนย้ายไปเป็นเจ้าหน้าที่ของการกีฬาแห่งประเทศไทย แต่กลับเป็นแฟนบอลการท่าเรือไทยที่ถูกลงโทษห้ามชมเกมในสนามแพทสเตเดี้ยม 1 นัด และทีมโดนปรับ 50,000 บาท ทำให้ผู้ตัดสินบางส่วนรู้สึกว่าไม่ได้รับความยุติธรรม แต่ประธานผุ้ตัดสินยังยืนยันทำตามมติของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในวงการฟุตบอล
อีก 1 ประเด็นที่เป็นปัญหาที่เป็นมาทุกปีคือการจ่ายเงินค่าผู้ตัดสิน ซึ่งเงินค่าผู้ตัดสินทั้งหมดนัดละ 10,000 บาท จะแบ่งเป็น 2 ส่วน คือได้จากการกีฬาแห่งประเทศไทย 2,570 บาท และจากสมาคมฟุตบอลที่ได้มาจากผู้สนับสนุนอีก 5,430 บาท ซึ่งในส่วนของการกีฬาแห่งประเทศไทยติดขั้นตอนการเบิกจ่ายที่สมาคมฟุตบอลยังไม่มาทำเรื่อง
โดยตอนนี้สมาคมได้เตรียมแก้ปัญหาเรื่องการเบิกจ่ายเงิน ด้วยการสำรองเงินค่าผู้ตัดสินออกไปก่อนเกือบ 5 ล้านบาท และจากนี้ไปจะแต่งตั้งเจ้าหน้าที่เข้ามาดูแลเรื่องการติดต่อและเบิกจ่ายเงินกับ กกท.โดยเฉพาะ