ระบบเอเย่นนักฟุตบอลเมืองไทยยังไม่ได้รับความนิยม เพราะคนไทยยังไม่ชิน
ประเทศไทยเพิ่งมีการเปิดสอบเอเย่น และรับรองจากฟีฟ่าครั้งแรกในปี 2010 จนมาถึงปัจจุบันเอเย่นนักฟุตบอลในเมืองไทยมีทั้งหมดเพียง 7 คน แต่ระบบเอเย่นนักฟุตบอลในเมืองไทยยังไม่ได้รับความนิยม เพราะในอดีตฟุตบอลในเมืองไทยเคยชินกับระบบอุปถัมภ์ และมักจะย้ายทีมโดยใช้บริการของเอเย่นเถื่อน
บางทีย้ายเพราะเป็นโค้ช หรือ โรงเรียนต้นสังกัดของนักเตะ จึงทำให้ฟุตบอลเมืองไทยเกิดปัญหาเรื่องนักเตะถูกยกเลิกสัญญาแบบไม่เป็นธรรม มีการทำสัญญาซ้อน 2 สโมสร ซึ่งเคยมีกรณีพิพาทมาแล้วในเมืองไทย กรณีสโมสรชลบุรี เอฟซี กับเอสซีจี เมืองทอง ที่แย่งตัว คนึง บุราณสุข ศูนย์หน้าของสมุทรสงคราม ซึ่งนักเตะมีการเซ็นสัญญาล่วงหน้ากับสโมสรเมืองทอง แต่สุดท้ายไปเซ็นสัญญากับ สโมสรชลบุรี
นักเตะไทยส่วนใหญ่ยังไม่มีความรู้เรื่องการมีตัวแทน หรือ เอเย่นนักฟุตบอล หลายคนจึงปฏิเสธการใช้ระบบนี้ และหันไปใช้ระบบอุปถัมภ์เช่นเดิม สาเหตุหนึ่งเป็นเพราะไม่อยากเสียส่วนแบ่งจากค่าเอเย่น ที่คิดเพียงร้อยละ 10 จากรายได้ในการเซ็นสัญญา และเงินเดือนนักเตะรวมกันตลอดทั้งปี แต่ทั้งนี้ไม่รวมเบี้ยเลี้ยงกับโบนัสของนักเตะ
ตอนนี้ไทยพรีเมียร์ลีกเป็นลีกที่ได้รับความสนใจมากที่สุดในย่านอาเซียนเนื่องจากความเติบโตของลีกอย่างรวดเร็วในช่วง 3-4 ปีที่ผ่านมา ประกอบกับเศรษฐกิจที่ตกต่ำในยุโรป นักเตะยุโรปหลายคนจึงหันไปติดต่อเอเย่นของคนไทย ซึ่งสวนทางกับนักบอลไทยที่แทบไม่มีการติดต่อย้ายทีมผ่านเอเย่น
ในอดีตที่ผ่านมา ซิโก้ เกียรติศักดิ์ เสนาเมือง เคยย้ายทีมโดยผ่านระบบเอเย่น หรือ เอเจนซี่ มาแล้วในการย้ายไปฮัดเดอร์ฟิลด์ แต่มีปัญหาเพราะเอเจนซี่รายดังกล่าวไม่มีความเป็นมืออาชีพ และไม่สามารถต่อรองได้ และนักกีฬาเป็นฝ่ายเสียผลประโยชน์ในที่สุด