ผู้ส่งออกข้าวตั้งขอสังเกตุการด้อยคุณภาพอาจมาจากกระบวนการปรับปรุงคุณภาพ
ข้าวสารที่มีลักษณะสีเหลืองขุ่น เป็นตัวอย่างข้าวจากโครงการร้านถูกใจของรัฐบาล โดยองค์การคลังสินค้า (อคส.) กระทรวงพาณิชย์ เป็นผู้รับผิดชอบ และจ้างเอกชนเป็นผู้ปรับปรุงคุณภาพข้าว และไม่แตกต่างจากข้าวขององค์การตลาดเพื่อเกษตรกร (อตก.) ของ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ที่นำไปแจกจ่ายให้กับชาวบ้านในจังหวัดพิษณุโลก
ผู้บริหารสมาคมผู้ส่งออกข้าวไทย ตั้งข้อสังเกตว่า สาเหตุดังกล่าวอาจเป็นเพราะ เป็นข้าวเก่าที่เก็บไว้นานหลายปี หรือเป็นข้าวที่เวียนเทียนในโครงการรับจำนำ รวมทั้งกระบวนการปรับปรุงข้าวที่ไม่ได้คุณภาพ
การดำเนินการระบายข้าวบรรจุถุงในโครงการของรัฐ รวมไปถึงข้าวถุงเพื่อบริจาคในเหตุต่างๆของรัฐ หน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ทั้ง อตก.หรือ อคส. จะประกาศเชิญชวนให้เอกชนเสนอราคา เพื่อนำข้าวไปปรับปรุงก่อนนำไปจำหน่ายในโครงการรัฐ หรือแจกจ่ายให้หน่วยงานต่างๆ โดยบริษัทที่ให้ผลตอบแทนสูงสุดจะได้เป็นผู้ปรับปรุงคุณภาพข้าว สำหรับขั้นตอนการปรับปรุงคุณภาพนั้น จะต้องทำความสะอาดโดยการร่อนฝุ่น, นำข้าวมาขัด, ใช้เครื่องยิงสีเพื่อแยกสีข้าว และร่อนเปอร์เซ็นต์เพื่อหาข้าวหักก่อนนำไปบรรจุถุง
ซึ่งขั้นตอนนี้ทั้งนายเริงชัย หงส์จำรัสศิลป์ ที่ปรึกษาคณะกรรมการบริหารสมาคมผู้ส่งออกข้าว และนายสมพงษ์ กิตติเรียงลาภ หนึ่งในบริษัทที่รับปรับปรุงคุณภาพข้าว ระบุตรงกันว่า เป็นขั้นตอนที่ทุกบริษัทต้องดำเนินการ ไม่ว่าจะเป็นการซื้อข้าวในโกดังกลางของรัฐหรือโรงสี แต่ก็มีบางบริษัทที่เลือกทำเฉพาะบางขั้นตอนเพื่อลดต้นทุน ทำให้ข้าวบรรจุถุงเกิดปัญหาเรื่องคุณภาพข้าวได้
รศ.สมพร อิศวิลานนท์ นักวิชาการอาวุโสสถาบันคลังสมองของชาติ ระบุว่า ปัญหาข้าวด้อยคุณภาพ เกิดจากกระบวนการบริหารสต็อกข้าวที่ไม่ได้คุณภาพ ดังนั้นการรักษาคุณภาพข้าว โรงสีต้องเอาใจใส่ในการดูแลข้าวตั้งแต่การรับข้าวเปลือก, เร่งสีแปร และส่งข้าวเข้าโกดังกลาง ขณะที่ภาครัฐ ต้องมีการระบายข้าวอย่างต่อเนื่อง ซึ่งจะช่วยลดปัญหานี้ได้