อะคาเดมี่เอสซีจีเมืองทองฝึกให้เป็นนักฟุตบอลอาชีพ
หลักการการทำอะคาเดมี่ของเอสซีจีเมืองทองจะใช้ฝีเท้าเป็นเกณฑ์วัดความสามารถของนักเตะหากดีพอโค้ชจะให้เลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นกับรุ่นพี่จะมีการดูพัฒนาการของนักเตะอย่างใกล้ชิดซึ่งนักเตะในอะคาเดมี่ทุกคนจะใช้ชีวิตร่วมกันอยู่ในสโมสรที่ภายในสนามเอสซีจีสเตเดี้ยม โดยจะมีฌอน ลุกส์เบอร์รี่ ผู้อำนวยการอะคาเดมี่ชาวอังกฤษ เป็นผู้จัดระบบการอยู่ในอะคาเดมี่ของทีมเอสซีจีเมืองทอง ที่จะใช้การสังเกตพฤติกรรมของเด็กว่ามีลักษณะนิสัยเช่นไรจึงควรจะอยู่ร่วมกับเพื่อน หรือรุ่นพี่ ลักษณะนิสัยเช่นไร จึงจะช่วยการปรับทัศนคติ ความคิดที่ดีขึ้น ซึ่งเป็นหลักการเดียวกับที่หลายสโมสรในยุโรปใช้กัน
การเป็นพันธมิตรร่วมกับแอตเลติโก้มาดริด จากสเปน ทำให้นักเตะเยาวชนของเอสซีจีเมืองทองในรุ่น 17-18 ปี ได้มีโอกาสเดินทางไปฝึกซ้อม เรียนรู้แท็คติก การใช้ชีวิตที่แอตเลติโก้ มาดริด มาแล้ว ซึ่งก็ช่วยเด็กๆ มีทัศนคติที่ดีขึ้นอย่างเห็นได้ชัด หลักการความเป็นมืออาชีพของเอสซีจีเมืองทองอะคาเดมี่ถือเป็นหัวใจหลักของทีมที่ต้องการฝึกให้นักเตะก้าวไปสู่การเป็นอาชีพไล่ เช่น การให้เงินเดือนนักเตะตั้งแต่เข้ามาในอะคาเดมี่
นักเตะเยาวชน 12-13 ปี จะได้รับเงินเดือน 1500 บาท อายุ 14-15 ปี จะได้เดือนละ 3,000-5,000 บาท และเยาวชน 17-18 ปี จะได้รับเงินเดือน 7,000-10,000 บาท ซึ่งการให้เงินเดือนจะดูจากผลงาน หากติดทีมชาติหรือโชว์ฟอร์มดีจะได้รับการเพิ่มเงินเดือน ทัศนคติความคิดยังเป็นเรื่องสำคัญหลังจากการฝึกซ้อมจะมีการเรียกนักเตะพูดคุยเพื่อปลูกฝังความเป็นมืออาชีพ ยอมรับคำตัดสินของกรรมการ และมีบทลงโทษหากไม่ดำเนินการตามแนวทางที่สโมสรวางเอาไว้
ระบบการฝึกซ้อม สไตล์การเล่นสำหรับนักเตะเยาวชนของเอสซีจีเมืองทอง จะใช้รูปแบบการเล่นเหมือนกันทุกชุด ซึ่งเป็นแนวทางนโยบายการเล่นของทีมชุดใหญ่ที่ผู้บริหารต้องการเน้น เอ็นเตอร์เทน คนดู ซึ่งการพัฒนาฟุตบอลเยาวชนของเอสซีจีเมืองทอง นอกจากระบบอะคาเดมี่ที่ทำให้นักเตะเยาวชนของทีมแข็งแกร่งแล้ว สโมสรยังมีการส่งโค้ชไปสอนฟุตบอลตามโรงเรียนที่ทำข้อตกลงร่วมกับสโมสร ทั้งยังส่งทีมเยาวชนของสโมสรเข้าแข่งเอไอเอสลีก ดิวิชั่น 2 ในนามทีมนครนายก กับ นนทบุรี ที่ผลงานอยู่ในอันดับ 1 และ 2 ของโซนกรุงเทพมหานคร
และจะมีการส่ง ฌอน ลุกส์เบอร์รี่ ผู้อำนวยการสโมสรเดินทางไปดูฟอร์มของนักเตะในที่ต่างๆ เพื่อดึงมาอยู่ที่เอสซีจีเมืองทอง เช่นเดียวกับการซื้อนักเตะเยาวชนจากเอเย่นต์ที่ตอนนี้มีนักเตะเยาวชนจากกาน่า 1 คนมาอยู่ในทีมเยาวชน 15-16 ปี