กระทรวงการคลัง ดำเนินการการกู้เงิน ตามขั้นตอนของกฎหมายแล้ว 324,000 ล้านบาท ภายใต้พระราชกำหนดกู้เงิน ที่ต้องลงนามภายในวันที่ 30 มิถุนายน 2556 โดยลงนามกู้เงินกับธนาคารกรุงไทย,ออมสิน,กสิกรไทย และธนาคารกรุงเทพ
นายพงษ์ภาณุ เศวตรุนทร์ รองปลัดกระทรวงการคลัง ระบุด้วยว่าคณะรัฐมนตรีห็นชอบบรรจุการกู้เงินดังกล่าวไว้ในแผนก่อหนี้งบประมาณปี 2556 พร้อมยืนยันขั้นตอนการกู้เงินเป็นไปตามระเบียบของสำนักนายกรัฐมนตรี ซึ่งสำนักงบประมาณเห็นชอบการจัดสรรเงินในโครงการต่างๆ ทั้งหมดเมื่อวันที่ 26 มิถุนายน 2556
นายกิตติรัตน์ ณ ระนอง รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง มอบอำนาจให้กับนายพงษ์ภาณุให้เซ็นสัญญาเงินกู้ดังกล่าว ซึ่งฝ่ายกฎหมายของกระทรวงการคลัง พิจารณาว่าสามารถลงนามสัญญาเงินกู้ได้ เพราะคำพิพากษาของศาลปกครองไม่ได้ยกเลิกโครงการ
อย่างไรก็ตามการเบิกจ่าย หน่วยงานที่เกี่ยวข้องจะต้องศึกษาโครงการและทำประชาพิจารณ์อย่ารอบครอบ ก่อนเบิกจ่ายจริง รองปลัดกระทรวงการคลัง จึงมั่นใจว่าโครงการบริหารจัดการน้ำจะมีความโปร่งใส และไม่ผิดข้อกฎหมายสัญญาเงินกู้ดังกล่าว ต้องเบิกจ่ายภายใน 6 ปี และต้องชำระหนี้คืนภายใน 4 ปี หลังจากวันเบิกจ่ายเงินกู้ เบื้องต้นอัตราดอกเบี้ยเฉลี่ยอยู่ที่ร้อยละ 3.8