การตั้งศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ มีวัตถุประสงค์หลักเพื่อแยกส่วนงานยุติธรรมในการพิจารณาคดีบางประเภท ทำให้เกิดเกิดความรวดเร็ว นอกจากนี้ยังถือเป็นการเปิดโอกาสให้คู่ความ สามารถยื่นฟ้องร้องได้สะดวกมากขึ้น โดยเฉพาะขั้นตอนการยืนฟ้องร้อง ที่ไม่ว่าจะอยู่ที่ใดในประเทศก็สามารถดำเนินการได้
กระบวนการของศาลอาญาคดีทุจริตฯ ในช่วงระยะเริ่มต้นโจทก์สามารถยื่นฟ้องได้ที่ศาลชั้นต้นทุกแห่งทั่วประเทศ เนื่องจากขณะนี้ที่ทำการของศาลอาญาคดีทุจริต ยังคงมีเพียงแห่งเดียวคือ กรุงเทพมหานคร
จากนั้นศาลชั้นต้นตามพื้นที่ต่างๆจะพิจารณาคำฟ้องและสำนวน แล้วส่งต่อมาให้ศาลอาญาคดีทุจริตพิจารณาว่าจะประทับรับฟ้องหรือไม่ ส่วนกระบวนการไต่สวนข้อเท็จจริง ศาลจะใช้วิธีพิจารณาจากสำนวนการสอบสวนของ ปปช.หรือ ปปท. และหากมีประเด็นที่สงสัยจะมีการแสวงหาข้อเท็จจริงเพิ่มเติ่ม ด้านระบบการพิจารณาคดีทุจริตจะใช้ระบบแบบ 2 ชั้นครึ่ง คดีส่วนใหญ่จะสิ้นสุดที่ศาลอุธรณ์ แต่ก็มีข้อยกเว้นในบางกรณี
สืบพงษ์ ศรีพงษ์กุล โฆษกศาลยุติธรรม ระบุว่า คดีที่จะสามารถฎีกาได้นั้นจะต้องเป็นไปตามมาตรา 40 ของพระราชบัญญัติวิธีพิจารณาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ เช่น ปัญหาที่เกี่ยวพันกับประโยชน์สาธารณะ คำพิพากษาหรือคำสั่งขัดกับคำพิพากษาสูงสุดของศาลอื่นหรือในกรณีที่จำเลยถูกพิพากษาประหารชีวิต หรือจำคุกตลอดชีวิตก็สามารถฎีกาได้เช่นกัน
ตามโครงสร้างศาลอาญาคดีทุจริตฯ จะมีอธิบดีผู้พิพากษา 1 คน รองอีก 3 คน และมีองค์คณะผู้พิพากษา 20 คน มีนายอำนาจ พวงชมภู เป็นผู้พิพากษา เบื้องต้นคาดว่าจะรับโอนสำนวนคดีเจ้าหน้าที่รัฐประพฤติมิชอบกว่า 70 คดีมาพิจารณา
ศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ จะหมายถึงศาลอาญาคดีและประพฤติมิชอบกลาง 1 แห่ง และ ศาลอาญาคดีและประพฤติมิชอบภาค รวม 9 แห่ง โดยจะยังคง 3 ชั้นศาล คือ ศาลชั้นต้น ศาลอุทธรณ์และฎีกา มีอำนาจการในพิจารณาคดี เช่น การฟ้องเพื่อลงโทษเจ้าหน้าที่รัฐต่อการกระทำความผิดต่อตำแหน่งหน้าที่ การฟอกเงิน ไม่ยื่นบัญชีแสดงรายการทรัพย์สิน รวมถึงคดีที่บุคคลธรรมดาเกี่ยวข้องกับการเรียกรับสินบนหรือใช้กำลัง และคดีอาญาตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ
การดำเนินการพิจารณาคดีของศาลนี้จะแตกต่างจากศาลปกติอื่นๆ คือคดีส่วนใหญ่จะสิ้นสุดในชั้นอุธรณ์ แต่หากคู่ความต้องการจะยื่นฎีกาจะต้องได้รับการอนุญาตจากศาลก่อนว่าเป็นการถ่วงเวลาคดีหรือมีเหตุอันควรหรือไม่
ก่อนหน้านี้เมื่อวันที่ 16 มิถุนายนที่ผ่านมา ที่ประชุมสภานิติบัญญัติแห่งชาติ (สนช.) มีมติเห็นชอบร่างพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ ทำให้มีการยกฐานะของแผนกคดีทุจริตและประพฤติมิของเจ้าหน้าที่รัฐในศาลอาญา จัดตั้งเป็นศาลอาญาคดีทุจติตและประพฤติมิชอบกลาง