นายปานเทพ พัวพงษ์พันธ์ อดีตแกนนำพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย ผู้ใกล้ชิดครอบครัวลิ้มทองกุลโพสต์ข้อความในเฟซบุ๊กว่า ผศ.จันทน์ทิพย์ ลิ้มทองกุล ป่วยเป็นโรคมะเร็งระยะสุดท้ายตั้งแต่เดือนเมษายน 2559 และได้เสียชีวิตที่ โรงพยาบาลกรุงเทพเวลา 05.30 น.เช้านี้ (3 ต.ค.) จากภาวะแทรกซ้อน ความดันตกลง หัวใจเต้นช้าลงในระหว่างการให้เลือด โดยยาเพิ่มความดันและกระตุ้นหัวใจไม่สามารถจะช่วยได้ และได้จากไปอย่างสงบ
ผศ.จันทน์ทิพย์เป็นอดีตอาจารย์ประจำสาขาวิทยาศาสตร์การอาหารและโภชนาการ ภาควิชาคหกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒประสานมิตร
ผู้สื่อข่าวรายงานว่านางจันทน์ทิพย์เสียชีวิตเพียงไม่ถึง 1 เดือนหลังจากนายสนธิถูกศาลฎีกาพิพากษาจำคุก 20 ปีเมื่อวันที่ 6 ก.ย.2559 ในคดีทำเอกสารรายงานการประชุมเท็จค้ำประกันเงินกู้ธนาคารกรุงไทยจำนวน 1,078 ล้านบาท ซึ่งหลังจากนั้นนายสนธิได้ฝากให้นายจิตตนาถ ลิ้มทองกุล ลูกชายบอกให้แม่เข้มแข็งเอาชนะโรคร้ายให้ได้ และขอให้มีชีวิตอยู่จนถึงวันที่เขาพ้นโทษ ซึ่งนายจิตตินาถได้เขียนข้อความ หลังจากนายสนธิถูกพิพากษาจำคุกไว้ว่า
"จะมีแค่รู้สึกจุกน้ำตาเอ่ออยู่แค่ประโยคที่ท่านฝากถึง อ.จันทน์ทิพย์ ลิ้มทองกุล คุณแม่ผมที่กำลังนอนรักษามะเร็งอยู่ในห้องไอซียูอยู่แค่ประโยคเดียวว่า 'บอกแม่ว่าป๋าไม่เป็นอะไร ให้แม่เข้มแข็งเอาชนะโรคร้ายให้ได้ มีชีวิตสู้ให้ถึงวันที่ป๋าจะได้ออกมาเจอแม่นะ' "
สำหรับพิธีศพ ผศ.จันทน์ทิพย์ จัดที่วัดมกุฏกษัตริยาราม ศาลา 10 สวดอภิธรรมระหว่างวันที่ 4-10 ต.ค.2559 และพระราชทานเพลิงศพวันที่ 11 ต.ค.2559 เวลา 17.00 น.
