ปัญหาการฟ้องร้องของตำรวจบางส่วนกรณีไม่ได้รับความเป็นธรรมในการพิจาณาแต่งตั้งโยกย้าย ปัญหาการลักลั่นเรื่องตำแหน่ง และการแต่งตั้งโยกย้ายข้ามกองบัญชาการ กระทบวาระการแต่งตั้งโยกย้ายตำรวจประจำปี 2558 และต้องเลื่อนต่อเนื่องมาจนถึงปี 2559 โดยเฉพาะการแต่งตั้งในตำแหน่งรองผู้บังคับการถึงสารวัตร ซึ่งเป็นระดับปฏิบัติงานในพื้นที่
พนักงานสอบสวน เป็นส่วนหนึ่งของแนวคิดการปฏิรูปโครงสร้างสำนักงานตำรวจแห่งชาติ และคำสั่งหัวหน้า คสช.กำหนดตำแหน่งของข้าราชการตำรวจ ซึ่งมีอำนาจหน้าที่ในการสอบสวนใหม่ ตามมาตรา 44 นั้น ทำให้กลุ่มพนักงานสอบสวนไม่พอใจและกังวลว่าจะไม่ได้รับความเป็นธรรมในการแต่งตั้งโยกย้าย เนื่องจากการกำหนดตำแหน่งใหม่ของพนักงานสอบสวน ตามมาตรา 44 จะทับซ้อนกับตำแหน่งในสายงานอื่นของตำรวจและไม่สามารถเติบโตในสายงานได้ นำไปสู่การฟ้องร้องต่อศาลปกครอง
การกำหนดตำแหน่งและอำนาจหน้าที่ใหม่ของพนักงานสอบสวน ทำให้ไม่มีตำแหน่งใหม่เพียงพอต่อการรองรับโครงสร้างของพนักงานสอบสวนและกระทบถึงการแต่งตั้งโยกย้ายตำรวจในสายงานอื่นๆ
พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี มีแนวคิดปฏิรูปองค์กรตำรวจเพื่อให้การทำงานมีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะงานด้านการสอบสวนและงานสืบสวน เพื่อประโยชน์ของประชาชนในกระบวนการยุติธรรม
คำสั่งหัวหน้า คสช.ที่ 21/2559 เรื่องการปฏิบัติราชการของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ มีสาระสำคัญคือการให้อำนาจผู้บัญชาการตํารวจแห่งชาติเป็นผู้สั่งแต่งตั้งโยกย้าย กำหนดหลักเกณฑ์การแต่งตั้งโยกย้ายเองในตำแหน่งต่างๆ ของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ โดยไม่ต้องผ่านที่ประชุมคณะกรรมการข้าราชการตำรวจ (ก.ตร.) ช่วยให้ปัญหาการแต่งตั้งโยกย้ายยุติลง ด้วยการให้ตำรวจที่แต่งตั้งใหม่ไปปฏิบัติงานทันที เพื่อไม่ให้เกิดสุญญากาศในการทำงาน
ผศ.ปนัดดา ชำนาญสุข รองคณบดีคณะสังคมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ บอกว่า การใช้มาตรา 44 ยิ่งทำให้ปัญหาโครงสร้างขององค์กรตำรวจเพิ่มสูงขึ้น เพราะปัจจัยสำคัญอยู่ที่ระบบการบริหารงานบุคคลของรัฐบาลและผู้นำองค์กรสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ที่ไม่มีประสิทธิภาพและขาดคุณธรรม นำไปสู่ระบบอุปถัมป์ในการแต่งตั้งโยกย้าย ส่งผลให้ขวัญกำลังใจของตำรวจลดลง
แม้รัฐบาลจะมีแผนการปฏิรูปองค์กรตำรวจ 3 ระยะ แต่ก็ไม่สามารถเป็นจริงได้ เพราะการปฏิรูปสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ต้องมองโครงสร้างภาพรวมและฝ่ายการเมืองต้องมีความจริงใจในการปฏิรูปมากกว่านี้