หากย้อนไปถึงพระลิขิตของสมเด็จพระญาณสังวรฯ เมื่อปี 2542 หรือ ประมาณ 18 ปีก่อน พบว่า มีอยู่ด้วยกัน 3 ฉบับ ซึ่งเนื้อหาระบุชัดเจนว่าเนื้อหาในพระลิขิต เน้นถึงเหตุเรื่องการบิดเบือนคำสอนของวัดพระธรรมกาย และ พระธัมมชโย รวมถึงการถือเอาสมบัติของวัดเป็นของตน เนื้อหาตามพระลิขิตแจ้งไว้ชัดเจนว่า "ต้องอาบัติปาราชิก" พ้นจากความเป็นสมณะโดยอัตโนมัติ
พระลิขิตดังกล่าว ถูกนำเข้าสู่การพิจารณาของมหาเถรสมาคม (มส.) ขณะนั้น ถึง 2 ครั้ง และมีมติให้รับโอนที่ดินเป็นของวัดพระธรรมกาย ซึ่งที่ผ่านมาพบว่า มส.ดำเนินการเฉพาะเรื่องโอนคืนที่ดินเท่านั้น โดยไม่มีความชัดเจนเรื่องอาบัติปาราชิก
ล่าสุด การประชุม มส.เมื่อวันที่ 10 ก.พ.2559 ได้พิจารณาหนังสือที่สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) ชี้แจงต่อกรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) ที่ขอให้ พศ.พิจารณาคดีของพระธัมมชโย ว่า เข้าข่ายกระทำผิดอาญาหรือไม่ จากกรณีถือครองที่ดินและทรัพย์สินวัด รวมถึง กรณีพระลิขิตสมเด็จพระญาณสังวรฯ ให้พระธัมมชโยต้องอาบัติปาราชิก
พศ.ชี้แจง ดีเอสไอ ว่า การพิจารณากรณีนี้เป็นอันยุติไปแล้ว และพระธัมมชโยไม่ต้องอาบัติปาราชิก โดยอ้างถึงคณะพิจารณาชั้นต้น ตามกฎ มส.ฉบับที่ 11 เรื่องการลงนิคหกรรม เนื่องจากคณะพิจารณาชั้นต้น ไม่รับคำร้องจากผู้กล่าวหา 2 คน คือ นายสมพร เทพสิทธา และ นายมานพ พลไพรินทร์ และผู้กล่าวหาไม่ได้ยื่นอุทธรณ์ตามเวลา
ขณะเดียวกันมีการรับฟ้องของอัยการจนเกิดคดีทางโลก ก็ส่งผลให้คดีทางสงฆ์ต้องยุติไป จนในปี 2549 นายมานพ ได้ถอนฟ้อง พศ.ยืนยันด้วยว่า ตามกฎหมายและพระธรรมวินัย ไม่สามารถรื้อฟื้นคดีเดิมที่พิจารณาสิ้นสุดแล้วมาพิจารณาใหม่ จะต้องเป็นประเด็นใหม่เท่านั้นถึงจะเข้าสู่การพิจารณาตามกฎนิคหกรรม
ส่วนกรณีสภายุวพุทธิกสมาคมแห่งชาติ จะถวายหนังสือแด่สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังคปริณายก ให้นำพระลิขิตของสมเด็จพระสังฆราช พระองค์ก่อน ที่ให้พระธัมมชโยต้องปาราชิก เข้าสู่การพิจารณาของ มส.อีกครั้งนั้น
ผศ.ชาญณรงค์ บุญหนุน คณะอักษรศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร เห็นว่า อาจเป็นเรื่องมิบังควร เพราะกรณีนี้ยังถือว่าไม่ชัดเจนในหลายส่วน และควรให้เป็นไปตามพระประสงค์ของสมเด็จพระสังฆราช
ด้านนายบุญเชิด กิตติธรางกูร ผู้อำนวยการสำนักเลขาธิการมหาเถรสมาคม ระบุว่า ยังไม่สามารถให้รายละเอียดเรื่องนี้ได้เพราะยังไม่เห็นเนื้อหาในหนังสือจากสภายุวพุทธิกสมาคมแห่งชาติ ส่วนการประชุมมหาเถรสมาคมในวันที่ 20 ก.พ.นี้ ยังไม่ได้รับแจ้งหมายกำหนดเช่นกันว่า สมเด็จพระสังฆราช จะเสด็จเป็นประธานการประชุมหรือไม่