การบริหารจัดการเงินบริจาค วัดพระธรรมกาย ดำเนินงานโดยมูลนิธิมหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง สิ่งก่อสร้างที่ได้ชื่อว่า ใช้เงินลงทุนด้านการก่อสร้างมากที่สุดอาคารหนึ่งคือ อาคาร 100 ปี คุณยายจันทร์ ขนนกยูง ใช้งบประมาณก่อสร้างกว่า 5,000 ล้านบาท อาคารจอดรถวัดพระธรรมกาย เป็นอีกอาคาร มีมูลค่าการก่อสร้าง มากกว่า 2,600 ล้านบาท โครงการเวิลด์พีซ วัลเลย์เขาใหญ่ มีมูลค่าการลุงทุน 3 เฟซ จำนวนมากกว่า 1,500 ล้านบาท และโครงการนี้ยังถูกตรวจสอบปัญหาการบุกรุกและใช้ที่ดินผิดวัตถุประสงค์
นอกจากนั้น วัดพระธรรมกายยังมีโครงการก่อสร้างอาคารถาวรวัตถุ บนพื้นที่ 2,000 ไร่ ย่านคลองหลวง จ.ปทุมธานี และอีกหลายพื้นที่ในต่างจังหวัด มีรายงานการตรวจสอบจากกรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) ว่าโครงการต่างๆ ของวัดพระธรรมกาย ส่วนใหญ่ล้วนเป็นเงินที่ได้จากการบริจาค ประมาณการเงินลงทุนทั้งหมด กว่า 13,000 ล้านบาท แต่เงินบริจาคจะอยู่ภายใต้การบริหาร โดยมูลนิธิมหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง หรือ มูลนิธิคุณยายจันทร์ จดทะเบียนก่อตั้ง 30 กรกฎาคม 2547 บริหารงานโดยเครือญาติของนักการเมืองและนักธุรกิจระดับประเทศ เมื่อครั้งก่อตั้งปรากฎชื่อ นางวรรณา จิรกิติ ภรรยาของนักการเมือง และน้องสาวนายบุญชัย เบญจรงคกุล ดำรงตำแหน่งประธานกรรมการ
ตำแหน่งนี้มีคณะที่ปรึกษา 5 คนจากวัดพระธรรมกาย ให้คำชี้แนะด้านงานก่อสร้าง 5 คนนี้มีอำนาจคัดเลือกและจัดจ้างในโครงการ
ปลายปี 2549 คณะกรรมการมีมติมอบอำนาจให้นางวรรณา หรือ เลขาณุการมูลนิธิ เป็นผู้มีอำนาจกระทำการแทนมูลนิธิ และมีอำนาจสั่งจ่ายเงินในจำนวนที่สูงกว่าข้อบังคับของมูลนิธิ
รองประธานกรรมการและกรรมการอีก 5 คน เป็นบุคลากรในแวดวงโฆษณาประชาสัมพันธ์ แวดวงการศึกษา บางคนมีชื่อปรากฎเป็นบุคคลใกล้ชิดของวัดพระธรรมกาย ที่ถูกเรียกว่ากัลยาณมิตร
มูลนิธิคุณยายจันทร์มีบัญชีธนาคาร 7 บัญชี จาก 2 สถาบันการเงิน และ 1 องค์กรธุรกิจอสังหาริมทรัพย์ ในช่วงก่อตั้งแบ่งเป็นบัญชีออมทรัพย์ 4 บัญชี กระแสรายวัน 3 บัญชี ภายหลังโครงสร้างบัญชีเปลี่ยนไปแม้จะมี 7 บัญชีเท่าเดิม แต่มาจากสถาบันการเงิน 2 บัญชี ส่วนอีก 5 บัญชี อยู่ในความดูแลขององค์กรธุรกิจอสังหาริมทรัพย์