ตามที่ บ. ไทยลีก จำกัด ได้รับมอบหมายจากสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ให้เป็นผู้ดำเนินการตรวจสอบการขอใบอนุญาตสโมสร หรือคลับไลเซนซิ่งและได้มีการประชุมคณะกรรมการพิจารณาออกใบอนุญาตสโมสร เมื่อวันที่ 29 ก.ย. ปรากฏว่ามี 2 สโมสรคือ นครปฐม ยูไนเต็ด และสมุทรสงคราม เอฟซี ที่ส่งเอกสารไม่ทันตามกำหนดวันที่ 15 ก.ย.ที่ผ่านมา ส่งผลให้ทั้ง 2 สโมสรไม่ได้รับใบอนุญาตและไม่มีสิทธิ์เข้าร่วมแข่งขันฟุตบอลไทยลีก 2 ในฤดูกาลหน้า ซึ่งมีผลทันทีเมื่อจบฤดูกาลเเต่ว่าทั้ง 2 สโมสร ยังสามารถยื่นอุทธรณ์ต่อคณะกรรมการอุทธรณ์การขอใบอนุญาตฯ เป็นลายลักษณ์อักษร พร้อมเอกสารชี้แจงภายในวันที่ 9 ต.ค. เเม้ว่าจะเป็นเรื่องยากก็ตาม
หากการยื่นอุทธรณ์สำเร็จจะทำให้ สมุทรสงคราม เอฟซี และ นครปฐม ยูไนเต็ด จะได้เล่นในไทยลีก 2 ฤดูกาลหน้าต่อไป แต่ถ้าการอุทธรณ์ครั้งนี้
ไม่เป็นผลจะถูกปรับตกชั้นไปเล่นไทยลีก 3 ในฤดูกาลหน้า แม้ว่าจะจบอันดับที่เท่าไหร่ก็ตาม
ปัจจุบัน นครปฐม ยูไนเต็ด อยู่อันดับที่ 7 ส่วน สมุทรสงคราม อยู่อันดับที่ 15 โดยฝ่ายจัดการแข่งขันไทยลีก ยืนยันว่าหากทั้ง 2 ทีมตกชั้น จะไม่มีการเพิ่มทีมเลื่อนชั้นจากไทยลีก 3 ที่มีโควต้า 3 ทีมแน่นอน ซึ่งจะทำให้ในฤดูกาลหน้าไทยลีก 2 จะมีทีมเข้าร่วมการแข่งขันทั้งหมด 18 ทีม