ศูนย์จีโนม เตือน PCR ไม่จับไวรัสกลายพันธุ์ "โอมิครอน"

ศูนย์จีโนม เตือน PCR ไม่จับไวรัสกลายพันธุ์ "โอมิครอน"

ศูนย์จีโนม เตือน PCR ไม่จับไวรัสกลายพันธุ์ "โอมิครอน"

รูปข่าว : ศูนย์จีโนม เตือน PCR ไม่จับไวรัสกลายพันธุ์ "โอมิครอน"

"ศูนย์จีโนม" รพ.รามาธิบดี เตือน COVID-19 กลายพันธุ์ "โอมิครอน" ATK-PCR บางยี่ห้อไม่จับเชื้อกลายพันธุ์ได้ ประสานกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ ถอดรหัสจีโนมไวรัสให้เสร็จภายใน 2 สัปดาห์รองรับตรวจ 1,000 ตัวอย่างต่อสัปดาห์

วันนี้ (28 พ.ย.2564) เฟซบุ๊ก ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ (Center for Medical Genomics) คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล" โพสต์ข้อความว่า PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ยังสามารถตรวจจับสายพันธุ์ "โอมิครอน (B.1.1.529)" ได้หรือไม่

โดยระบุว่า เมื่อวันที่ 27 พ.ย.ที่ผ่านมา นักวิทยาศาสตร์แอฟริกาได้ “อัปโหลด” รหัสพันธุกรรมทั้งจีโนม (whole genome sequence) ของไวรัสโคโรนา 2019 จำนวนกว่า 115 ตัวอย่างขึ้นบนฐานข้อมูลโควิดโลก “GISAID” เป็นที่เรียบร้อย เพื่อให้นักวิจัยทั่วโลกได้นำไปศึกษาวิจัย เพื่อพัฒนาการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ การป้องกัน และรักษา

ทางศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ.รามาธิบดี ได้ดาวน์โหลดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ "โอมิครอน" ทั้ง 115 ตัวอย่างมาทดสอบด้วยวิธีชีวสารสนเทศกับตัวตรวจตาม (PCR primer) ของชุดตรวจ PCR ที่ทาง WHO ให้การรับรอง ผ่านโปรแกรม “Nextclade” (https://clades.nextstrain.org/) จากการวิเคราะห์ผลบนคอมพิวเตอร์ ซึ่งต้องยืนยันผลกับตัวอย่างเชื้อเป็นในห้องปฏิบัติการอีกครั้งหนึ่ง 

 

พบว่าทั้ง 115 ตัวอย่างมีแนวโน้มว่าอาจเกิดปัญหาไม่มากก็น้อยกับชุดตรวจ PCR บางยี่ห้อ ไม่ใช่ทุกยี่ห้อที่ WHO ให้รายชื่อไว้ คืออาจให้ผลบวกน้อยทั้งที่มีเชื้อจำนวนมาก หรือเกิดผลลบปลอมขึ้นได้ประเมินจากตัวตรวจตาม (PCR Primer) ของยี่ห้อดังกล่าว มีรหัสพันธุกรรมของตัวตรวจตาม (PCR Primer) ที่บ่งชี้ว่าอาจตรวจจับกับส่วนจีโนมของสายพันธุ์โอมิครอน ได้ไม่ดีหรือจับไม่ได้เลยเนื่องจากไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปมาก

ดังนั้นศูนย์รับตรวจโควิด-PCR คงต้องระมัดระวังเลือกใช้ชุดตรวจ PCR ที่ผ่านการทดสอบว่าไม่มีปัญหาในการตรวจจับสายพันธุ์โอมิครอน

อย่างไรก็ตาม ชุดตรวจ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ส่วนใหญ่จะตรวจจีโนมของไวรัส 2-3 ตำแหน่งพร้อมกัน ไม่ได้ตรวจตำแหน่งเดียว หากพลาดไปบางตำแหน่ง ก็ยังมีตำแหน่งอื่นยืนยัน ทาง "WHO" เองก็สนับสนุนให้ปรับวิกฤตให้เป็นโอกาส ให้สังเกตผลลบที่ขาดหายไปบางตำแหน่งบนยีน S ที่สร้างโปรตีนส่วนหนาม (S dropout) หากพบว่าขาดหายไปตรวจไม่พบ ให้สงสัยว่าอาจเป็นสายพันธุ์โอมิครอน

คาด 2 สัปดาห์ถอดรหัสจีโนมไวรัสสายพันธุ์

นอกจากนี้ ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ.รามาธิบดี ประสานกับห้องปฏิบัติการไวรัสวิทยา รพ. รามาธิบดี ให้เฝ้าระวัง ตัวอย่าง S dropout หากพบเพื่อความรวดเร็วจะนำมาตรวจจีโนไทป์กับตัวตรวจตาม 40 ตำแหน่งด้วยเทคโนโลยี “Mass array ”ให้แล้วเสร็จใน 24-48 ชั่วโมง เนื่องจากจะมีต้นทุนที่ประหยัดกว่าการถอดรหัสพันธุ์กรรมทั้งจีโนม เพื่อให้ทราบว่าเป็นสายพันธุ์ Omicron (B.1.1.529) ในเบื้องต้นหรือไม่ (ภาพ 1)

ชุดตรวจสายพันธุ์โอมิครอน ซึ่งจะตรวจ 40 ตำแหน่ง บนจีโนมไวรัส พร้อมกันโดยอาศัยเทคโนโลยี Mass Array คาดว่าจะแล้วเสร็จใช้งานได้ในอีก 2 สัปดาห์จากนี้ ซึ่งจะสามารถตรวจสายพันธุ์ โอมิครอนได้ 1,000 ตัวอย่างต่อสัปดาห์

หากมีความจำเป็นจากนั้น มีการยืนยันผลด้วยเครื่องถอดรหัสพันธุกรรมรุ่นที่ 3 ซี่งจะถอดรหัส SARS-CoV-2 ทั้งจีโนมแล้วเสร็จได้อย่างรวดเร็วใน 48-72 ชั่วโมง โดยไม่ต้องรอทำตัวอย่างครั้งละมากๆ แต่หากมีความจำเป็นต้องทำจำนวนมากก็ สามารถรองรับการถอดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของไวรัสโคโรนา 2019 ได้ประมาณ 100 คนต่อสัปดาห์

 

ทั้งนี้ เพื่อดูรายละเอียดของการกลายพันธุ์ทังจีโนม 30,000 ตำแหน่ง ส่งลําดับจีโนมที่สมบูรณ์ และข้อมูลที่เกี่ยวข้องทางระบาดวิทยาและทางคลินิกไปยังฐานข้อมูลที่เปิดเผยต่อสาธารณะ เช่น “GISAID” ภายใน 48 ชั่วโมง หลังได้ข้อมูลรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ โอมิครอน ร่วมมือกับกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กระทรวงสาธารณสุขอย่างใกล้ชิดในการร่วมด้วยช่วยกันถอดรหัสพันธุกรรมไวรัสโคโรนา 2019 จากตัวอย่างทั่วประเทศ Omicron (B.1.1.529) คาดว่าจะก่อให้เกิดการระบาดระลอกใหม่ในแอฟริกา และอาจเกิดการระบาดไปทั่วโลกได้

ขณะนี้พบว่ามีการแพร่ติดต่ออย่างรวดเร็วเหนือกว่าเดลตา และกลายพันธุ์ต่างไปจากไวรัสดั้งเดิม มากกว่า 60 ตำแหน่ง คำจำกัดความของการกลายพันธุ์ที่น่ากังวล (variant of concern) ของ WHO คือไวรัสกลายพันธุ์

  • มีการแพร่ติดต่อเพิ่มขึ้นที่จะเป็นอันตรายต่อประชาชน
  • เพิ่มความรุนแรงในด้านอาการทางคลินิก หรือ
  • ลดประสิทธิผลของมาตรการด้านสาธารณสุขและสังคม หรือการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ เช่น ATK หรือ PCR ด้อยประสิทธิภาพวัคซีน ยาต้านไวรัสที่มีใช้อยู่

 

 

กลับขึ้นด้านบน