น.ส.เสาวรัจ รัตนคำฟู นักวิชาการอาวุโสสถาบันวิจัยเพื่อการพัฒนาประเทศ (ทีดีอาร์ไอ) กล่าวว่า ความไม่มีประสิทธิภาพในการบริหารจัดการนักเรียนทุนรัฐบาลมี 3 ประการ คือ ทิศทางการพัฒนาประเทศไทยไม่ชัดเจนพอ จึงไม่สามารถกำหนดเป้าหมายการพัฒนากำลังคนที่ชัดเจนได้ รัฐบาลขาดข้อมูลความต้องการกำลังคนที่ต้องการในอนาคตในแต่ละสาขาและยังขาดระบบติดตามและประเมินผลการดำเนินงานของหน่วยงานให้ทุนที่จัดทำอย่างเป็นประจำ รวมทั้งการบริหารจัดการทุนอยู่ภายใต้หลายหน่วยงาน จึงเกิดความซ้ำซ้อนและความไม่สอดคล้องระหว่างความต้องการของหน่วยงานและสาขาที่นักเรียนทุนไปเรียนต่อ ทำให้ผู้ที่จบมาหลายคนไม่ได้รับการบรรจุเข้าทำงาน
น.ส.เสาวรัจ กล่าวเพิ่มเติมว่า ควรปรับปรุงการบริหารการจัดสรรทุนฯ เป็นระบบรวมศูนย์ภายใต้คณะกรรมการระดับชาติ ควรวางกลไกติดตามและประเมินผลอย่างสม่ำเสมอ และการวางแผนการจัดส่งนักเรียนทุน ควรอยู่บนพื้นฐานของการกำหนดเป้าหมายที่ชัดเจนในการให้มหาวิทยาลัยแต่ละแห่งมีความเป็นเลิศในสาขาเฉพาะแต่ละด้าน เพื่อให้สามารถตอบโจทย์ของประเทศหรือท้องถิ่น