การขุดลอกคูคลองอู่ตะเภาตามนโยบายของรัฐบาลเริ่มส่งผลกระทบต่อตลิ่งริมคลอง
ชาวบ้านในพื้นตำบลแม่ทอม อำเภอบางกล่ำ และตำบลคูเต่า อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลาสำรวจความเสียหายของถนนเลียบคลองอู่ตะเภาที่เกิดการพังทลายจน ไม่สามารถใช้สัญจรได้ โดยพวกเขาระบุว่านอกจากการสร้างถนนที่ไม่ได้มาตรฐาน และยังเป็นผลกระทบที่เกิดจากการขุดลอกคลองของกองทัพภาคที่ 4 เนื่องจากทหารดำเนินการขุดลอกโดยขาดการมีส่วนร่วมจากชาวบ้านในพื้นที่
ทีมข่าวไทยพีบีเอสนั่งเรือสำรวจคลองอู่ตะเภาร่วมกับทหาร และตัวแทนชาวบ้านในพื้นที่ พบว่าการขุดลอกคลองทำให้ต้นไม้ทั้งขนาดเล็ก และขนาดใหญ่ซึ่งขึ้นอยู่ริมตลิ่ง ถูกรื้อถอนทำลายในหลายจุด และริมตลิ่งซึ่งไม่มีต้นไม้คอยปกคลุมหน้าดินก็เริ่มพังทลาย
ขณะที่เครือข่ายรักษ์คลองอู่ตะเภาระบุว่า ก่อนหน้านี้กรมชลประทานเคยนำเสนอโครงการเพื่อ ขุดลอกคลองอู่ตะเภาแต่ถูกคัดค้านจากชาวบ้านเพราะเห็นว่าชาวบ้านในพื้นที่แทบ จะไม่ได้รับประโยชน์จากโครงการนี้เลย และการขุดลอกคลองเมื่อ 10 ปีก่อนหน้านี้ ก็ทำให้คลองได้รับความเสียหายอย่างรุนแรง
ทั้งนี้กองทัพภาคที่ 4 ดำเนินการขุดลอกคลองอู่ตะเภา ตามโครงการพัฒนา และปรับปรุงแหล่งน้ำตามนโยบายรัฐบาล ใช้งบประมาณ 60 ล้านบาท โดยขุดลอกคลองอู่ตะเภาในพื้นที่ปลายน้ำก่อนออกสู่ทะเลสาบสงขลาระยะทางประมาณ 13.5 กิโลเมตรเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำออกจากตัวเมืองหาดใหญ่ ซึ่งผู้บัญชาการกองพลพัฒนาที่ 4 ระบุว่าขณะนี้ได้พยายามปรับปรุงการขุดลอกเพื่อป้องกันผลกระทบตามข้อเรียก ร้องของประชาชน
ชาวบ้านในพื้นที่ยังตั้งข้อสังเกตุเรื่องการนำหญ้าแฝกมาปลูกริมตลิ่งคลองอู่ตะเภาเพื่อป้องกันการพังทลายของดิน นั้นอาจไม่เหมาะสม เพราะสภาพพื้นที่ปลายน้ำของคลองอู่ตะเภาเป็นพื้นที่ลุ่มต่ำจะถูกน้ำท่วมสูง ในฤดูน้ำหลาก อาจทำให้หญ้าแฝกจมน้ำตาย เห็นว่าควรนำหญ้าราโพซึ่งเติบโตได้ดีในพื้นที่ชุ่มน้ำ และเป็นพันธุ์พืชดั้ง เดิมริมคลองอู่ตะเภามาปลูกเพื่อป้องกันการพังทลายของหน้าดินน่าจะเหมาะสมกว่า