นางปราณี ศิริพันธ์ อธิบดีกรมการค้าต่างประเทศ (คต.) กระทรวงพาณิชย์ เปิดเผยว่า เมื่อวันที่ 11 ตุลาคม 2555 หน่วยงานกักกันสินค้าเกษตรของอินโดนีเซียได้แถลงว่าอินโดนีเซียได้บังคับใช้กฎกระทรวง 2 ฉบับ คือ กฎกระทรวงเกษตรฉบับที่ 60/OT Permentan/140/9/2012 เรื่องหนังสือรับรองการนำเข้าของผลิตภัณฑ์การเกษตร และกฎกระทรวงการค้าฉบับที่ 30M-DAG/PER/9/2012 เรื่องข้อกำหนดการนำเข้าผลิตภัณฑ์การเกษตร โดยประกาศทั้ง 2 ฉบับมีผลบังคับใช้แล้วตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน 2555
สาระสำคัญของกฎหมายทั้ง 2 ฉบับคือการบังคับให้ผู้นำเข้าสินค้าเกษตรเพื่อการจำหน่ายต่อ มีหน้าที่ต้องขอใบอนุญาตนำเข้าจากภาครัฐก่อน แต่อย่างไรก็ตามขั้นตอนการออกใบอนุญาตนำเข้าก็ยังไม่มีแนวปฏิบัติที่ชัดเจน ก่อให้เกิดความกังวลใจ ทั้งจากสหภาพยุโรป สหรัฐอเมริกา และญี่ปุ่น
สินค้าเกษตรของไทยที่เข้าข่ายได้รับผลกระทบที่สำคัญคือทุเรียนและลำไยซึ่งเป็นผลไม้ที่นิยมมากในตลาดอินโดนีเซียทั้งที่อินโดนีเซียต้องการออกมาตรการทางการค้ามาสกัดการนำเข้าสินค้าเกษตรจากจีน จากข้อมูลของ World Economic Forum (WEF) ในปี 2012 WEF ได้จัดอันดับปัญหาสำคัญของอินโดนีเซียที่เป็นอุปสรรคต่อการนำเข้าสินค้าจากต่างประเทศและพบว่าปัญหาที่สำคัญที่สุดคือเรื่อง Tariffs and Non-Tariff Barriers รองลงมาคือปัญหาการทุจริตของเจ้าหน้าที่พรมแดน นอกจากนี้ยังมีปัญหาเรื่องขั้นตอนเอกสารที่ยุ่งยากซับซ้อน และการขนส่งที่ล่าช้าในประเทศ แสดงให้เห็นปัญหาดังกล่าวของอินโดนีเซียเป็นที่รับรู้ในวงกว้างแล้ว
อธิบดีกรมการค้าต่างประเทศ กล่าวอีกว่า ม.ค–ก.ย. 2555 ประเทศไทยส่งออกสินค้าผลไม้สด แช่เย็น ไปยังอินโดนีเซียมูลค่า 92.14 ล้านเหรียญสหรัฐฯขยายตัวมากถึงร้อยละ 17.78 และในระยะ 3 ปีที่ผ่านมา (ปี 2552-2554) ไทยส่งออกผลไม้สด แช่แข็งเฉลี่ยปีละ 64.41 ล้านเหรียญสหรัฐฯ ถือว่าอินโดนีเซียเป็นตลาดส่งออกผลไม้สด และผลไม้แช่แข็งที่สำคัญอันดับ 3 ของไทย รองจากจีนและฮ่องกง
ในการแก้ไขปัญหาดังกล่าวนี้ กระทรวงพาณิชย์โดยกรมเจรจาการค้าระหว่างประเทศได้เชิญส่วนราชการและภาคเอกชนที่เกี่ยวข้องเพื่อหารือปัญหาที่เกิดจากมาตรการดังกล่าวของอินโดนีเซียและแนวทางการแก้ไขปัญหาแล้วเมื่อเดือนกรกฎาคม 2555 และในเร็ว ๆ นี้กรมการค้าต่างประเทศมีแผนที่จะจัดคณะเดินทางไปหารือกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องของอินโดนีเซียเพื่อเจรจาแก้ไขอุปสรรคดังกล่าว